La consolidación del Nuevo Reyno de León no estuvo exenta de retos y calamidades. Sobrevivir en este territorio de frontera no era tarea fácil, los fundadores tenían un sentido de comunidad muy desarrollado, sabían que se necesitaban unos a otros para protegerse de las amenazas que los rodeaban. Básicamente eran dos temas que les inquietaban: la inseguridad producto del estado de Guerra Viva, y la pobreza que implicaba la insatisfacción de las necesidades básicas, especialmente alimentación y vivienda.

Entre las calamidades también había dos temas muy relevantes: las inundaciones y las epidemias. Hace 500 años la fuerza de la naturaleza en una extensión geográfica tan despoblada, seguramente era más intensa y frecuente en cuanto su manifestación. El Valle de Extremadura era muy fértil, por lo que las lluvias eran más frecuentes y, en ocasiones, podían convertirse en eventos con riesgos catastróficos inminentes. Además, la salud de las poblaciones originarias se mantenía en una homeostasis propia de un ecosistema donde se habían adaptado con éxito, desarrollando un sistema inmunológico que operaba de acuerdo con las condiciones climáticas de la región, pero el contacto con agentes patógenos externos y desconocidos representaba una amenaza silenciosa y desconocida. Las epidemias llegaron y actuaron como verdaderas armas de guerra en el campo biológico.

Las tres fundaciones con las que se sustentó en sus momentos iniciales el Nuevo Reyno de León fueron la Villa de Santa Lucía (Monterrey), la Villa de San Gregorio (Cerralvo) y la Villa de San Juan Bautista (Cadereyta); las tres habían sido levantadas en lugares estratégicos en cuanto a la afluencia del agua; los ríos colindaban en la periferia: el Santa Catarina, San Juan, Pesquería, la Silla y, aunque no eran navegables, sí poseían un caudal muy significativo.

La cercanía con estos afluentes de agua era necesaria para satisfacer diversas necesidades básicas, así que los colonos se asentaron cerca de estas fuentes de vida, pero las inundaciones llegaban cuando menos lo esperaban, y corrían peligro inminente. El cronista Alonso de León describe esta situación así: "Era tanto el descuido en que se vivía antiguamente en este reino, que ni había casa con cimiento, ni dejaban de fabricar cerca del agua..."

Para la Villa de Santa Lucía se tienen históricamente registradas múltiples inundaciones, en los años de 1611, 1636, 1637, 1642 y 1648, entre otras. A lo largo del siglo XVII también se registraron diversas inundaciones en el Reyno, podríamos considerar que cada década había un magno evento catastrófico de esta naturaleza. El gran cronista de León describía uno de ellos: "envió (Dios) tanta agua, el mes de septiembre del año de 1636, que parece se abrieron las cataratas del cielo..."

Tenemos algunas vívidas descripciones de lo grave que se volvía la situación, para la Villa de San Juan Bautista nos relata el cronista: "El año de cuarenta y dos, apretaron, el mes de septiembre, las aguas con nortes; en esta villa (Cadereyta) traspasaba las tapias; cayéronse en ella las más de las casas, sin daño de la gente, por ser de día." Para el capitán Alonso de León los mayores riesgos para la población ocurrían cuando estas inundaciones se daban en el transcurso de la noche.

Para la Villa de San Gregorio de Cerralvo: "El año de cuarenta y cuatro cayó un aguacero en las haldas de la sierra de San Gregorio, vertiente a la villa de Cerralvo, que creció una cañada tanto, y tan rápida corriente que, sobrepujando el hueco de la cañada, que es bien ancho, embistió a la villa, derribando las casas que topaba, haciéndolo todo un mar".

Las tormentas eran recurrentes, como se observa en este caso para la Villa de San Juan Bautista, sin embargo, el gobernador Martín de Zavala buscaba la manera de prevenir más desastres, construyendo medidas para contener las corrientes inesperadas de agua: "Este año de 48, miércoles 2 de septiembre, fue tanta el agua que bajó de la sierra por la cañada referida, que con no tener más vertiente que de 4 leguas a lo sumo, a no haber hecho el foso (en 1644), sin duda alguna se llevara la villa, asolando los edificios y peligrando la más de la gente, por sobrevenir a las 11 de la noche, cuando con la turbación fuera mayor el daño: achaque es de los años bisiestos, en aquel puesto, como por experiencia se ha visto."

Por si lo anterior fuera poco, llegó de manera simultánea la peste que asoló la región. Este mal afectó principalmente a la población indígena, como sabemos las tribus se encontraban en un nivel de desarrollo cultural propio del paleolítico inferior, dominaban el fuego, eran nómadas expertos en la pesca, la caza y la recolección. Su mente era totémica y sus creencias animistas. Toda la naturaleza estaba dominada por entes espirituales, incluyendo la enfermedad.

Cuando la viruela llegó a estas tierras del Reyno los indígenas entraron en un nivel de angustia muy inquietante, prácticamente no había cura para este tipo de enfermedad. Creían desde la interpretación propia del pensamiento mágico que "las viruelas" eran espíritus que poseían vida propia, que los perseguían para atraparlos, así que había que despistarlos; cuando huían al monte para esconderse, estaban seguros de que podrían contener la persecución colocando espinas a lo largo del camino que recorrían. Así lo hacían, pero desafortunadamente para ellos, el mal ya los acompañaba silenciosamente antes de hacer erupción en sus cuerpos; escondidos en lo profundo de los montes de la Gran Guachichila, ahora el Nuevo Reyno de León, la peste los devoraba para siempre.

El cronista nos describe esta turbación de la siguiente manera: "El año de 1646, por noviembre, entró de fuera un mancebo, hijo de un vecino de esta villa (Cadereyta) convaleciente de las viruelas que había tenido en la Nueva España; apestó la villa y todo el reino, de manera que en todo el año de 1647, murieron más de quinientas personas de todos géneros y edades, españoles e indios; era compasión y lástima ver tantas muertes, que casi quien enterrara o llevara a las iglesias no había. De algunos (indios chichimecas) que, heridos del mal, se fueron a sus tierras, cundió en ellas, que despobló rancherías enteras; duró hasta los principios de 1648, que purificó Dios los aires; quitando Dios este tósigo que por sus juicios secretos traían, quedando la tierra con algún resuello".