En medio del debate para reformar al Poder Judicial, el gobierno federal redujo 28% el presupuesto que fue aprobado para el Programa de Justicia Militar de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena).
Para 2024 se avaló destinar a dicho programa un total de mil 169 millones 900 mil pesos; sin embargo, a través de ajustes presupuestales se redujo el monto a 848 millones 900 mil pesos, sin que a la fecha se sepa a dónde se fueron los 326 millones que fueron recortados.
Por lo que, de acuerdo con la propia Defensa Nacional, el Programa de Justicia Militar tiene el objetivo de "asegurar el adecuado funcionamiento de los organismos que integran el Sistema de Justicia Militar", e incluso cuenta con la facultad de "transformar y modernizar" dicho sistema mediante reformas a los procedimientos legales en el interior de la dependencia castrense.
Sin embargo, al momento, el Poder Judicial juzga delitos de ciudadanos, en tanto que el Sistema de Justicia Militar tiene a su cargo la averiguación y el castigo de los delitos y faltas contra la disciplina militar; por lo que, poco se sabe sobre el número de casos y número de sentencias, toda vez que se trata de información clasificada.
En la Plataforma Nacional de Transparencia se registran 437 solicitudes de información relacionadas con el Sistema de Justicia Militar, de las cuales sólo dos fueron transparentadas de manera pública por casos particulares; el resto ha sido reservada por periodos que van de los cinco a los 12 años.
Entre los casos mediáticos destaca el de los militares presuntamente involucrados en el asesinato de 43 estudiantes normalistas en Ayotzinapa, Guerrero, entre el 26 y 27 de septiembre de 2014.
Han sido señaladas autoridades federales y estatales, así como elementos del Ejército del 27 Batallón de Infantería en Iguala.
En junio de 2023, un juez impuso prisión preventiva a ocho militares relacionados con el crimen, por el delito de desaparición forzada, quienes fueron liberados en 2023, reaprendidos y vueltos a liberar en mayo de 2024, sin que hasta ahora se sepan los detalles del caso.
Actualmente existen tres prisiones militares, siendo éstas la adscrita a la I región militar, ubicada en la Ciudad de México; la adscrita a la III región militar, ubicada en Sinaloa, y la adscrita a la V región militar, con sede en Jalisco.
De acuerdo con la propia Sedena, el Sistema de Justicia Militar —además de estar a cargo de organizar, dirigir y supervisar el funcionamiento de las prisiones militares, unidades disciplinarias y otras dependencias e instalaciones similares— se encarga de vigilar que los militares procesados y sentenciados "conserven su capacidad física y la profesional en su caso, hasta su reincorporación a las actividades militares o civiles".
De igual forma, se encarga de tramitar los cambios de prisión, las prórrogas de jurisdicción y las solicitudes de indulto; participa en la elaboración de proyectos de leyes y reglamentos relativos a la administración de la justicia militar; tramita lo necesario respecto a retiros y pensiones en la parte que compete a la Secretaría de la Defensa Nacional, y es responsable de practicar los estudios sobre recompensas a los militares.