Por considerar que el proyecto de ampliación del Puerto de Manzanillo en el vaso II del sistema lagunar de Cuyutlán provocaría "impactos ambientales no evaluados" la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) frenó el proyecto presentado por la Administración del Sistema Portuario Nacional que también ha provocado la oposición de pescadores, salineros y ambientalistas.
La Dirección General de Impacto y Riesgo Ambiental (DGIRA) de la dependencia federal emitió una resolución en la que determina que las modificaciones presentadas al proyecto "Desarrollo del Puerto Nuevo Manzanillo en el Vaso II de la Laguna de Cuyutlán" rebasan el alcance del estudio original sobre el impacto ambiental de la mega obra, por lo que no es posible continuar con el trámite iniciado en agosto de 2025 y ordenó su conclusión para archivarlo.
La DGIRA tomó en cuenta que la Asipona presentó una alternativa para reconfigurar el puerto y reducir con ello las afectaciones al manglar y el impacto directo sobre las islas Cocodrilo I y II, sin embargo, advirtió que esos cambios implican la redistribución integral del puerto, lo que generaría nuevas obras, dragados y el uso de superficies no contempladas en el proyecto original que provocarían alteraciones hidrodinámicas y el trasvase de sedimentos en el sistema lagunar.