El Cártel de Santa Rosa de Lima surgió formalmente en 2014 en el municipio de Villagrán, Guanajuato, bajo el liderazgo de José Antonio Yépez Ortiz, alias "El Marro", quien heredó métodos criminales de la escuela de operación de Los Zetas.
Tras la caída de antiguos líderes criminales en la región, Yépez Ortiz continuó operando como secuestrador, extorsionador y narcomenudista, hasta lograr unir a pequeñas bandas dedicadas al robo de combustible para controlar el huachicoleo y sus ganancias en Guanajuato.
El crecimiento del grupo quedó reflejado en el aumento de tomas clandestinas en ductos de Pemex, que pasaron de 165 en 2013 a alrededor de mil 800 en 2017, según cifras de la empresa estatal.
La expansión del cártel provocó un conflicto directo con el Cártel Jalisco Nueva Generación (CJNG) y su líder, Nemesio Oseguera Cervantes, "El Mencho", quien intentó inicialmente una alianza, pero terminó disputando a "El Marro" el control del robo de combustible.
De acuerdo con datos del gabinete de seguridad citados por InSight Crime, en su momento de mayor auge el Cártel de Santa Rosa de Lima llegó a obtener ganancias diarias de entre 800 mil y 1.2 millones de dólares, lo que representaba cerca de 1.5% de las pérdidas totales de Pemex.
La rivalidad entre ambos grupos se intensificó tras una reunión fallida en 2017, en Irapuato, donde un sobrino de "El Mencho" fue asesinado por "El Marro", hecho que detonó una ola de violencia que convirtió a Guanajuato en uno de los estados más inseguros del país.
En 2017, Yépez Ortiz difundió videos declarando la guerra al gobierno federal y al CJNG, financiando ataques violentos con los recursos obtenidos del huachicoleo, mientras su captura se convertía en un objetivo prioritario para las autoridades.
Finalmente, el 1 de agosto de 2020, "El Marro" fue detenido en un operativo de inteligencia en Villagrán y trasladado al penal de El Altiplano; en enero de 2022 fue condenado por secuestro y otros delitos, y recientemente el Departamento del Tesoro de Estados Unidos impuso sanciones al cártel y a su líder.